kierownik pracowni:
dr inż. Aleksandra Gruca
W ramach pracowni prowadzono prace w następujących kierunkach:
Analiza miar podobieństwa terminów Ontologii Genowych
Wykorzystano algorytm grupowania w celu identyfikacji grup genówreprezentowanych w przestrzeni GO oraz ekspresji.Główne założenie: przynależności do grup nie powinny być ze sobą w konflikcieniezależnie od reprezentacji.Interesujące były geny, których przynależność do grup różni się w obydwu reprezentacjach.
Budowa serwisu internetowego RuleGO
Analiza strukturalna białek – regiony o niskiej złożoności
Wielosekwencyjne porównanie regionów o nieskiej złożoności wykazuje silne podbieństwo między bogatymi w prolinę motywami sekwencji białka GAPDHS (Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, testis-specific) a bogatą w prolinę sekwencją białka Ena/VASP. Eksperymentalnie dowiedziono łączenie się domeny SH3 do białka Ena/VASP, podobieństwo sekwencyjne między Ena/VASP oraz GAPDHS może wskazywać na to, że podobny mechamizm będzie występował w przypadku białka GAPDHS. Mutacja jednej z prolin w leucyne motywu wiążącego białka SH3 jest związane z występowaniem raka jelita, podobna mutacja w motywie bogatym w prolinę białka GAPDHS może mieć równieżpodobny negatywny efekt.
Rozwój metod bi-klasteringu
Podczas prowadzonych prac powstała baza danych benchmarkowych dla analiz bi-klasteryzacji. Udostępniona publicznie wraz z wyczerpującym opisem. 216 macierzy syntetycznych obejmujących wszystkie najpopularniejsze warianty danych. 5 zestawów danych.