Górnośląskie Centrum Obliczeń Naukowych i Inżynierskich

kierownik pracowni:

dr inż. Aleksandra Gruca

 

W ramach pracowni prowadzono prace w następujących kierunkach:

 

Analiza miar podobieństwa terminów Ontologii Genowych

 

Wykorzystano algorytm grupowania w celu identyfikacji grup genówreprezentowanych  w przestrzeni GO oraz ekspresji.Główne założenie:  przynależności do grup nie powinny być ze sobą w konflikcieniezależnie od reprezentacji.Interesujące były  geny, których przynależność do grup różni się w obydwu reprezentacjach.

 

gruca1

 

Budowa serwisu internetowego RuleGO

gruca2

 

Analiza strukturalna białek – regiony o niskiej złożoności

 

Wielosekwencyjne porównanie regionów o nieskiej złożoności wykazuje silne podbieństwo między bogatymi w prolinę motywami sekwencji białka GAPDHS (Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, testis-specific) a bogatą w prolinę sekwencją białka Ena/VASP. Eksperymentalnie dowiedziono łączenie się domeny SH3 do białka Ena/VASP, podobieństwo sekwencyjne między Ena/VASP oraz GAPDHS może wskazywać na to, że podobny mechamizm będzie występował w przypadku białka GAPDHS. Mutacja jednej z prolin w leucyne motywu wiążącego białka SH3 jest związane z występowaniem raka jelita, podobna mutacja w motywie bogatym w prolinę białka GAPDHS może mieć równieżpodobny negatywny efekt.

gruca5

 

Rozwój metod bi-klasteringu

 

Podczas prowadzonych prac powstała baza danych benchmarkowych dla analiz bi-klasteryzacji. Udostępniona publicznie wraz z wyczerpującym opisem. 216 macierzy syntetycznych obejmujących wszystkie najpopularniejsze warianty danych. 5 zestawów danych.

gruca4 

Wykorzystanie metody SMV + PCA oraz lasów losowych w celu analizy danych śledzenia ruchu oka.

gruca3