Górnośląskie Centrum Obliczeń Naukowych i Inżynierskich

Ekspertyza ma na celu zbadanie wpływu różnych typów hipoksji (cyklicznej i chronicznej) na zmianę poziomu ekspresji genów w wybranych liniach komórkowych. W badaniu wykorzystano wielkoskalowe dane mikromacierzowe, które poddano analizie bioinformatycznej. Wyniki analizy pozwoliły na określenie sygnatur genowych mających ścisły związek z hipoksją cykliczną i chroniczną.

Najbardziej popularną przestrzenią barw stosowaną w składowaniu i transmisji obrazów barwnych jest RGB, opisująca barwę za pomocą składowych czerwonej, zielonej i niebieskiej. Przestrzeń ta jest wygodna dla prezentacji obrazu na ekranie komputerowym, jednak ze względu na silną korelację jej składowych lepsze w kompresji obrazów okazują się inne przestrzenie. Zazwyczaj kompresję bezstratną obrazu barwnego realizuje się traktując całe składowe obrazu (tj. obrazy zbudowane z danej składowej barwy wszystkich pikseli obrazu) jako osobne obrazy w stopniach szarości, przy czym przed kompresją przeprowadza się transformację barwy do przestrzeni mniej nadmiarowej niż RGB.

Dostępność tysięcy osobnicznych genomów zwiastuje nadejście spersonalizowanej medycyny. Ma też inne doniosłe konsekwencje, np. umożliwia zrozumienie interakcji pomiędzy genotypem a fenotypem. Kluczową operacją w tego typu analizach jest uliniowienie odczytów sekwencjonowania względem kolekcji genomów.

Jedną z powszechnie znanych metod wizualizacji wewnątrzkomórkowych organelli jest transmisyjna mikroskopia elektronowa. Za pomocą odpowiednio dobranej techniki znakowania przeciwciałami oraz dalszego znakowania cząsteczkami złota, otrzymuje się przestrzenny obraz struktur i molekuł komórkowych. Opracowany protokół eksperymentalny, na podstawie którego otrzymuje się zestaw wyznakowanych preparatów mikroskopowych, pozwala również na zestawienie danych dotyczących kinetyki procesów i przemian komórkowych. Obszarem badań niniejszej ekspertyzy był proces regulacji poziomu i określenie lokalizacji czynnika transkrypcyjnego – visfatyny.

Sekwencjonowanie genomów ma coraz większy wpływ na współczesną medycynę. W ostatnich latach pojawiły się projekty takie jak Personal Genome Project czy Million Veteran Project zakładające zsekwencjonowanie odpowiednio 100 tys. oraz 1 miliona genomów ludzkich. Rozmiary danych z takiego sekwencjonowania będą liczone w setkach petabajtów. Rodzi to duże problemy związane nie tylko z analizą takich danych, ale nawet z ich przechowywaniem.